境内分布有白龙江、洮河、黑河等主要河流及其支流和尕海湖、李恰如天池等湖泊。洮河是县境内最大的河流，也是黄河上游最大的支流，境内流程长146千米，多年平均流量62立方米1秒。县境内的尕海湖为甘南州第一大淡水湖，面积2100多公顷,是黄河上游的重要湿地。

 境内地表和地下水平均总硬度13.8度(德国度),最高为19.6度，最低为10.3度，均低于国家规定饮水25度的标准，合格率达98.9%，适宜饮用灌溉。地下水质的类型几乎全为HCO₃Ca或HCO₃CaMg型，矿化度为0.5克/升以下,但NO₃离子含量较高。